نماز امام هادى علیهالسلام دو رکعت است: در رکعت اول سورهى حمد و «یس» و در رکعت دوم سورهى حمد و «الرحمن» خوانده مىشود. دعاى آن حضرت این گونه است:
یا بار یا وصول یا شاهد کل غائب و یا قریب غیر بعید و یا غالب غیر مغلوب و یا من لا یعلم کیف هو الا هو یا من لا تبلغ قدرته أسألک.
اللهم باسمک المکنون المخزون المکتوم عمن شئت الطاهر المطهر المقدس النور التام الحى القیوم العظیم نور السماوات و نور الأرضین عالم الغیب و الشهادة الکبیر المتعال العظیم صل على محمد و آل محمد.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
