عمارت پنجم در سال 1244 هجرى قمرى توسط ملا محمد صالح برغانى قزوینى حائرى و با نظارت سردار حسن خان و حسین خان قزوینى حائرى و با نظارت سردار حسن خان و حسین خان قزوینى انجام گشت که تمام عمارت سابق را خراب نمودند و آستانه مجللى با گنبد بزرگ کاشىکارى بنا کردند، که شروع آن در سال 1244 هجرى قمرى و پایان عمارت در سال 1250 هجرى قمرى بود.
تاریخ مذکور بر روى سنگ مرمر به خط ثلث در دو طرف ایوان آستانه نصب است. سید حسن امین بر آن است که در سال 1250 هجرى قمرى سردارحسین خان آن را تعمیر نموده و این عمارت در سال 1310 قمرى توسط میرزا حسین نورى تعمیر گشت و قسمتهاى از کاشىکارى گنبد که ریخته بود، مرمت شد و تاریخ آن در پیشانى گنبد ثبت شده و هشت حجره در جنوب صحن شریف جهت سکونت زائرین احداث گردیده بود.
پس از هجرت میرزاى شیرازى رحمه الله به سامرا، در یکى از مسافرتهاى میرزا که همراه شاگردانش پیاده از سامرا به آستانه سید محمد مشرف گشتند، تعمیراتى انجام داده و چند حجره به حجرات صحن افزودند. سپس میرزا محمد تهرانى عسکرى صحن شریف را توسعه داد و حجراتى بدان اضافه نمود.
