عمارت سوم در سال 1198 قمرى توسط ملا محمد رفیع فرزند محمد شفیع خراسانى تبریزى، به هزینه احمد خان دنبلى انجام گشت. سید حسن امین در «دائرةالمعارف الاسلامیة الشیعیة» به نقل از کتاب «تحفة العالم» میرزا عبداللطیف تسترى آن را عمارت اول ثبت کرده است(1)
1) دائرةالمعارف الاسلامیة الشیعیة: ج 31، ص 10.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
