عمارت دوم در قرن دهم هجرى توسط شاه اسماعیل صفوى پس از فتح بغداد انجام گشت که در آن هنگام قسمتى هم جهت سکونت زائرین این آستانه بنا شد.
از این قرن به بعد آستانهى سید محمد علیهالسلام رفته رفته روى به عمران و آبادى نهاد و تمامى زائرینى که قصد زیارت سامرا را داشتند از این آستانه زیارت کرده و در آنجا توقف مىنمودند.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
