عمارت دوم آستانه سامرا در سال 333 ه توسط ابومحمد الحسن مشهور به ناصرالدوله فرزند ابىالهیجاء عبدالله آل حمدان انجام شد.
ولى او اولین فرمانرواى شیعه بود که حرم و گنبد بر مزار امام هادى و امام عسکرى علیهماالسلام بنا کرد و بر شهر سامرا حصار نهاد و منازلى در اطراف آستانه بنا نمود و شیعیان را تشویق به سکونت در آن سامان کرد و کوشش فراوانى در آبادانى شهر سامرا کرد، ولى بر اثر جنگهایى که بین وى و معزالدوله بویهى رخ داد، اکثر برنامههاى عمرانى او ناتمام باقى ماند.
در پرتو عنایت خداوند متعال و توجهات حضرت ولیعصر (عج) و پیرو تاکید مقام معظم رهبری بر تلاش در عرصه نوسازی و اعتلای پژوهش‌های دینی و اسلامی با حداکثر استفاده از روش‌ها و ابزارهای جدید به امر مرجع عالیقدر حضرت آیه الله العظمی مظاهری دامت برکاته در آذرماه سال ۱۳۷۷ تاسیس شده است.
تا کنون گام‌های موثر و چشمگیری در راستای پیشبرد و اعتلای پژوهش‌های اسلامی برداشته که علاوه بر تولید ده‌ها نرم‌افزار دینی، به تحقیق و انتشار کتب مفیدی دست زده است که تاثیر این تحول بنیادی مورد توجه و قبول عالمان، محققان و اندیشمندان جامعه اسلامی قرار گرفته است و تاکنون توانسته رتبه‌های متعددی از جمله خادم قرآن کریم (۱۳۸۴) و خادم فرهنگ عمومی (۱۳۸۶) کسب نماید.
