لم یدم حکم المستعین سوى أربع سنوات وأشهر، وقد تمیّزت فترة
حکمه بالاضطرابات التی تعود الى قوّة الأتراک وضعفه أمامهم، کما تعود الى الظلم والإجحاف بالاُمة الى جانب تنازع العباسیین على السلطة، وإلیک فهرساً بما وقع فی أیام حکم من وثبات وثورات:
1 ـ وثبة فی الاردن بقیادة رجل من لخم.
2 ـ وثب فی حمص اهلها بعاملهم کیدر الاشروسنی.
3 ـ وثبة الجند فی سامراء وضربة لاوتاش الترکی وهو احد القادة.
4 ـ وثبة المعرة بقیادة القصیص وهو یوسف بن ابراهیم التَّنوخی.
5 ـ وثبة الجند بفارس بعاملهم الحسین بن خالد.
6 ـ وثبة اسماعیل بن یوسف الجعفری الطالبی فی المدینة.
فوقعت بینهما وقعات ودام القتال أشهراً وغلت الأسعار وعظم البلاء وانحل أمر المستعین فسعوا فی الصلح على خلعه وقام فی ذلک اسماعیل القاضی وغیره بشروط مؤکدة، فخلع المستعین نفسه فی أول سنة اثنتین وخمسین ومائتین وأشهد علیه القضاة وغیرهم فاُحدِر إلى واسط فأقام بها تسعة اشهر محبوساً موکلاً به أمینٌ ثم رُدّ إلى سامراء.
وأرسل المعتز إلى احمد بن طولون ان یذهب إلى المستعین فیقتله فقال: والله لا اقتل أولاد الخلفاء، فندب له سعید الحاجب فذبحه فی ثالث شوال من السنة وله احدى وثلاثون سنة(1)
1) تاریخ الخلفاء للسیوطی: 358 ـ 359.