پس از متوکل، امام هادى علیهالسلام با ستمهاى خلفاى عصر خود یعنى واثق، منتصر، مستعین، معتز، معتمد رو به رو شد، تا این که معتز، حضرتش علیهالسلام را مسموم نمود. برخى معتمد را قاتل آن حضرت مىدانند. آن سان که ابنبابویه مىگوید.
عدهاى از علما سوم و برخى دیگر پنجم رجب سال 254 هجرى را تاریخ شهادت حضرتش مىدانند.
سن شریف امام هادى علیهالسلام در لحظهى شهادت، چهل و یک سال و هفت ماه بود. شیخ صدوق رحمه الله در این زمینه مىنویسد:
معتمد عباسى برادر معتز، امام هادى علیهالسلام را مسموم نمود و در حین شهادت امام غریب، غیر از فرزندش امام حسن عسکرى علیهالسلام کسى نزد بالین آن بزرگوار نبود.
چون حضرت به شهادت رسید، همهى امرا و اشراف حاضر شدند و امام حسن عسکرى علیهالسلام در تشییع جنازهى پدر شهید خود گریبان چاک زد و خود متوجه غسل، کفن و دفن والد بزرگوارش شد.
محدث قمى رحمه الله از «اثبات الوصیه» مسعودى این گونه نقل مىکند:
با جماعتى که در روز وفات حضرت امام هادى علیهالسلام در خانهى آن حضرت بودیم. در آنجا همهى بنىهاشم از آل ابوطالب و آل عباسى و بسیارى از شیعیان جمع بودند. هنوز نزد آنها امر امامت و وصایت امام عسکرى علیهالسلام ظاهر نشده بود، همچنین روشن نشده بود امر آن حضرت جز بر عدهاى از ثقات و معتمدان امام هادى علیهالسلام.
حکایت کردند آن جماعتى که در آن جا بودند همگى در مصیبت و حیرت بودند و انتظار جنازهى شریف آن حضرت و زیارت فرزند حضرت هادى علیهالسلام، امام حسن عسکرى علیهالسلام را داشتند. ناگاه دیدند، درى از صدر رواق باز شد و غلام سیاهى بیرون آمد. آن گاه امام حسن عسکرى علیهالسلام با تأثر و تأسف شدید، با لباس نفیسى که چاک زده بود، بیرون آمد. جمال مبارک آن حضرت از همهى جهت به پدر بزرگوارش شبیه بود، فرزندان متوکل نیز در آن بیت الشرف بودند. چون امام حسن عسکرى علیهالسلام را دیدند همه به جهت تعظیم و احترام آن حضرت برخاستند. ابواحمد موفق بن متوکل – که ولیعهد بود – به سوى آن حضرت شتافت و عرض کرد: مرحبا بک یابن العم! و با آن بزرگوار معانقه نمود.
حضرت جلوس فرمود و مردم همه مقابل آن بزرگوار نشستند. قبل از تشریف آوردن امام حسن عسکرى علیهالسلام هیاهو و گفتوگو بود. چون آن حضرت تشریف آورد و نشست، همه سکوت کردند و نفسها ساکن شد. آن گاه خادمى بیرون آمد و مقابل آن حضرت ایستاد. حضرت برخاست و جنازهى امام هادى علیهالسلام را بیرون آوردند. حضرت با جنازهى مطهر حرکت فرمود.
آن جنازهى نازنین را تا خیابانى وسیع بردند. معتمد بر آن حضرت نماز خواند و قبل از آن، فرزند مکرمش حضرت امام حسن عسکرى علیهالسلام بر آن بزرگوار در اندرون خانه نماز خوانده بود. سپس آن حضرت را در خانهاى از خانههاى آن بزرگوار دفن کردند.
حرم مطهر عسکریین علیهماالسلام تاکنون ملجأ درماندگان و پناهگاه شیعیان جهان است.
صلوات الله و سلامه علیک یا أباالحسن، السلام علیک یا على الهادى، السلام علیک یا نورالأنوار، السلام علیک یا حجة الله على خلقه یا سیدى و مولاى انى توسلت بک الله تعالى یا وجیها عندالله اشفع لى عندالله.